Mantarlardaki toksinler, buharlama ile yok edilebilen, asitler tarafından bozulabilen veya sonradan kurutularak depolanan yemlerde etkisiz hale getirilebilirken, mikotoksinler yemlerin içerisinde hasar görmeden kalırlar.
En iyi bilinen mikotoksinler arasında aflatoksinler, okratoksinler, zearalenonlar, fumonisinler ve örneğin ölümcül toksik olan ergot alkaloidi bulunur.
Mikotoksinler kısmen kanserojendir, yani genetik yapıyı değiştirebilir ve insanlara ve hayvanlara önemli ölçüde sağlık hasarlarına neden olabilirler. Aflatoksinler esas olarak karaciğere zarar verirken, okratoksinler ağırlıklı olarak kanserojendir ve böbreklere zarar verirler. Zearalenonlar saman, hayvan yemi ve tahıllarda (özellikle mısırda) Fusarium türleri tarafından oluşturulur ve sinirlere, kan oluşumuna, cilde ve doğurganlığa zarar verir. Trichothecenes ayrıca ishale ve alerjik cilt reaksiyonlarına neden olabilir. Bağışıklık sistemini bozarlar. Bu nedenle şiddetli zehirlenme enflamatuar ve kanamalı akciğer hastalıklarına bile neden olabilir.
Mikotoksinler sinir sistemine zarar verebilir ve atipik davranışlara, anlaşılmaz reaksiyonlara yol açabilir. Bu tür reaksiyonlar sinir sisteminden bağımsız olarak, küf toksinlerinin etkisinden dolayı karaciğer ve böbrekler üzerinde de olumsuz sonuçlar verebilir.
Mikotoksinler kan değerlerini önemli ölçüde değiştirebilir. Gerçekten her yerde bulunabilen Aspergillus flavus mantarının zehiri olan aflatoksinler, kanserojendirler ve karaciğere zararlıdırlar. Aflatoksin B1 esas olarak tahıllar, saman, fındık ve haşhaşlarda bulunur. Glikojen tortularına (hayvan nişastası) bağlı olarak karaciğer ağırlığında anormal artışlara ek olarak, kandaki protein, albümin, trigliserit ve fosfor değerlerinde eşzamanlı bir azalma ile üre değerinde bir artış oluştururlar. Çeşitli organların enzim aktivitesi değişir ve düşükler meydana gelebilir. Bağışıklık sistemi makrofajların bozulması nedeniyle kalıcı olarak hasar görür.