Uykuya bağlı baş ağrıları, kronik paroksismal hemikrani ve şiddetli migren formlarıyla, çoğunlukla uyku sırasında başlayan tek taraflı baş ağrısı ve yüz ağrısı olarak kendini gösterir.
Hastalar ya geceleri ya da sabahları ağrı atakları ile uyanırlar. Migren, yoğunluğu, sıklığı ve süresi açısından büyük farklılıklar gösteren ve çoğunlukla tek taraflı olan, tekrarlayan baş ağrısı atakları ile kendini gösteren aileden geçebilen kalıtık bir hastalıktır. Küme baş ağrısı, sıklıkla yüzde kızarıklık, yırtılma hissi ve tek taraflı rinore gibi vejetatif disfonksiyon belirtileri ile birlikte çok şiddetli tek taraflı bir baş ağrısıdır.
Migren uyku, stres, gevşeme, travma, hava basıncı ve hava değişiklikleri, ve hatta yeme ve içme alışkanlıkları ile başlayabilir. Küme baş ağrısı hastalarının çoğunda az miktarda alkol, atakları tetikleyebilir. Hipoksi ve uyku apnesi, özellikle REM uykusu sırasında, küme baş ağrısının gerçek nedeni olabilir. Migrenlerde fokal nörolojik başarısızlıklar korteks iskemisinin sonucudur. Monoamin metabolizmasında doğuştan meydana gelen bir dengesizlik, bağzı hastaları baş ağrısına eğilimli hale getirebilir.